本所成立於民國三十九年九月。
民國四十三年農村復興委員會補助新建辦公廳落成啟用，奉命改隸本區區公所管轄，設址於台南市後壁區後壁里1鄰3號。
民國六十三年因全盤業務與指揮監督之需要，奉行政院准予改隸屬台南市衛生局迄今。
民國七十二至七十三年為充實偏遠地區醫療保健實施計劃，新建衛生所，建地3006平方公尺。
民國七十九年衛生所改為群體醫療中心，推展群體醫療保建工作，促使鄉民重視各項衛生保健工作。
民國八十一年進行衛生所擴建工作，使衛生所煥然一新並加強推展婦幼衛生之業務及老年人慢性病之預防。
民國八十八年九月由現任所長陳顯信醫師服務醫療保健，於民國一百零八年陸月陸號退休。
民國九十九年十二月二十五日，因原臺南縣市合併升格為直轄市，改制為臺南市後壁區衛生所，屬臺南市政府二級機關，隸屬臺南市政府衛生局。
民國一百零五年通過高齡友善認證機構。
民國一百零扒年十一月由現任醫師兼所長謝曜鍵醫師服務醫療保健、門診。